মূলধনের ৭৫% বহন করবে কেন্দ্রীয় সরকার এবং বাকি ২৫% রাজ্য সরকার। একাদশ যোজনায় নিয়মিত ব্যয়ের ভার কেন্দ্রীয় সরকার ৭৫:২৫ ভাগের ভিত্তিতে বহন করবে। দ্বাদশ যোজনাকালে রাজ্য ও কেন্দ্রীয় সরকারের ভাগ হবে ৫০:৫০। বিশেষ শ্রেণির রাজ্যের ক্ষেত্রে অনুপাত হবে ৯০:১০ । খরচের ধরন কেন্দ্রীয় বিদ্যালয় সংগঠন হিসাব করে দেখেছে যে প্রতি শ্রেণিতে দু’টি বিভাগ-সহ ষষ্ট থেকে দ্বাদশ শ্রেণি পর্যন্ত কেন্দ্রীয় বিদ্যালয় ধাঁচের একটা বিদ্যালয় স্থাপনে এককালীন খরচ হতে পারে ৩.০২ কোটি টাকা। বছরে নিয়মিত খরচের হিসাব ধরা হয়েছে ০.৭৫ কোটি টাকা। এখন বিদ্যালয় চালাতে ও নির্মাণ করতে যে খরচ হয়, তারই ভিত্তিতে খরচের হিসাব ধরা হয়েছে। নির্দিষ্ট কোনও জায়গার জন্য কেন্দ্রীয় পূর্ত দফতরের যে খরচের তালিকা আছে তারই ভিত্তিতে কেন্দ্রীয় বিদ্যালয়, জওহর নবোদয় বিদ্যালয় এবং রাজ্য সরকারি বিদ্যালয় স্থাপনের প্রকৃত খরচ হিসাব করা হবে। উপরে যে খরচের কথা বলা হয়েছে তা একটি কাছাকাছি হিসেবমাত্র।